Zgodnie z rekomendacją, skarbówka może przedłużyć tylko termin zwrotu kwoty budzącej wątpliwości. Obecnie praktyka jest taka, że urzędy skarbowe, weryfikując zasadność zwrotu VAT-u, zatrzymują całą kwotę objętą wnioskiem, pomimo że czynności sprawdzające dotyczyły tylko jej części. Jak informuje Jacek Kapica, podsekretarz stanu w resorcie finansów i szef służby celnej,  rekomendacja ma na celu skrócenie okresu oczekiwania na zwrot podatku, w części nie budzącej żadnych wątpliwości urzędników. – Taka praktyka ograniczy po stronie budżetu państwa koszty odsetek wynikających z przedłużania zwrotu VAT podatnikom. – wyjaśnia przedstawiciel resortu finansów.

Stanowisko Ministerstwa Finansów nie zmienia obowiązujących przepisów ustawy o podatku od towarów i usług, wynika ono wyłącznie z ich interpretacji. Przepisy określają tylko ostateczne terminy, w jakich należy dokonać zwrotu całości należnej kwoty, nie precyzują natomiast tego, że zwrot musi być wypłacony jednorazowo.