Rada nadzorcza NASK powołała na stanowisko prezesa NASK SA Igora Granosika, dotychczasowego wiceprezesa. W zarządzie jest od roku. NASK SA jest spółką kontrolowaną przez Państwowy Instytut Badawczy NASK. Do NASK SA należy m.in. uruchomione w 2019 r. kolokacyjne centrum danych w Warszawie.

Igor Granosik od października 2019 r. jest prezesem spółki NASK 4Innovation, która została powołana w 2013 r. w celu komercjalizacji badań naukowych i inwestycji w spółki z sektora oprogramowania i bezpieczeństwa IT. Ma blisko 75 mln zł kapitału zakładowego. Igor Granosik kieruje także Mana Solid Invest.

W styczniu 2021 r. z funkcji prezesa NASK SA zrezygnował bez podania przyczyny Jarosław Tyc. Spółka rozpisała wówczas konkurs na stanowisko nowego szefa.

W listopadzie 2020 r. ze stanowiska dyrektora Państwowego Instytutu Badawczego NASK został odwołany Kamil Sitarski. Nowy szefem instytutu został Wojciech Pawlak, specjalista od AI, który dotychczas zajmował się budową Centrum Zastosowań Sztucznej Inteligencji i Analizy Danych.

Zmienił się również zastępca dyrektora NASK. Został nim Robert Król, który odpowiada za rozwój Centrum Zastosowań Sztucznej Inteligencji i Analiz Danych.

W ramach instytutu NASK działa m.in. zespół CERT Polska, zajmujący się bezpieczeństwem sieci i reagowaniem na zagrożenia.