Zasadę tę (z łac. in dubio pro tributario) wprowadziła nowelizacja Ordynacji podatkowej uchwalona w sierpniu 2015 r. Zaczęła obowiązywać 1 stycznia 2016 r. Zgodnie z nią "niedające się usunąć wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego rozstrzyga się na korzyść podatnika". Dane o liczbie zastosowań zasady podał wiceminister finansów Marian Banaś. Zaznaczył, że zasada ta jest logiczną konsekwencją zasad konstytucyjnych i zasad ogólnych postępowania podatkowego. Klauzula ta jest zatem stosowana nie tylko od momentu zapisania jej w Ordynacji podatkowej, ale również była stosowana wcześniej .

Marian Banaś wskazał też, że zasada ta jest realnie stosowana w czynnościach sprawdzających, postępowaniach kontrolnych i podatkowych przeprowadzanych przez organy podatkowe, choć w praktyce fiskus rzadko się na nią powołują. Według wiceministra jej zastosowanie często sprowadza się do odstąpienia od wydania niekorzystnego dla przedsiębiorcy rozstrzygnięcia lub odstąpienia w ogóle od podjęcia działań wobec firmy. Takie przypadki nie podlegają jednak ujęciu w żadnych ewidencjach.

Według Pawła Mazurkiewicza, partnera w firmie MDDP, biorąc pod uwagę tysiące decyzji administracyjnych wydawanych co roku, liczba zastosowania "in dubio pro tributario" jest niewielka, niemniej ten fakt nie jest dla niego zaskoczeniem.

– Trzeba pamiętać, że wprowadzaniu tej zasady do Ordynacji podatkowej towarzyszyły kontrowersje; istnienie wątpliwości co do stosowania przepisów prawa podatkowego jako przesłanki zastosowania przepisu już samo w sobie jest niejasne. Programowo administracja podatkowa, jak każda inna, nie ma wątpliwości co do stosowania prawa – powiedział Mazurkiewicz.

Także ekspert z Centrum Analiz Klubu Jagiellońskiego Radosław Piekarz nie jest zaskoczony danymi MF.

– Od początku byłem negatywnie nastawiony do wprowadzania klauzuli w treści zaproponowanej przez prezydenta (mowa o Bronisławie Komorowskim – przyp red.). Lepsze pomysły miało ministerstwo finansów. Jestem raczej zaskoczony tym, że w ogóle zastosowano tę zasadę. Przypuszczam, że dotyczyło to naprawdę mało znaczących spraw – powiedział Radosław Piekarz.

CRN Polska pisał o wprowadzaniu do Ordynacji podatkowej regulacji in dubio pro tributario w październiku 2015 roku. Jak mówili wtedy specjaliści, sposób sformułowania zasady wyrażonej w art. 2a Ordynacji podatkowej może wręcz dodatkowo skomplikować współpracę na linii fiskus – podatnik. Pierwszym powodem, jak tłumaczyli, jest jego zbyt ogólny wydźwięk. Zwłaszcza fragment dotyczący „niedających się usunąć wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego”. 

Pisaliśmy wtedy:

W ocenie specjalistów taki zapis ma zbyt subiektywny charakter, co utrudnia (jeśli nie uniemożliwia) jego zastosowanie. W przepisach już ustanowionych i stosowanych w ogóle nie powinno być takich, które budzą „niedające się usunąć wątpliwości”. Jeśli takowe istnieją, to dyskwalifikują zapisy do tego stopnia, że w ogóle nie powinno być mowy o obowiązku czy też zobowiązaniu fiskalnym ze strony podatnika. Dlatego jest bardzo mało prawdopodobne, aby organ skarbowy przyznał, że jakiś przepis jest rzeczywiście obarczony tak poważną wadą prawną. A nawet jeśli fiskus sam będzie miał wątpliwości co do swoich racji, może ich po prostu nie wyrazić i zasady in dubio pro tributario nie zastosować.