Resort powołuje się na obowiązujące do końca 2010 r. przepisy, które dopuszczały przesyłanie i przechowywanie faktur elektronicznych tylko poprzez system EDI albo pod warunkiem załączenia e-podpisu z kwalifikowanym certyfikatem. Dokument wysłany w inny sposób, np. w pliku PDF, jest dla resortu tylko obrazem faktury, a nie fakturą uprawniającą do skorzystania z ulgi. Na życzenie podatnika operator ma jednak obowiązek wystawienia dokumentu papierowego.

Stanowiska Ministerstwa Finansów nie podziela część ekspertów. Jeden z doradców podatkowych w wypowiedzi dla Gazety Wyborczej zauważył, że ustawa o VAT i unijna dyrektywa nie ogranicza prawa do odliczenia ulgi ze względu na formę faktury.